Sinopse
A vida pacífica de Ayato Kamina como estudante do ensino médio é virada de cabeça para baixo quando caças futuristas atacam Tóquio de repente. No caos, ele conhece uma mulher chamada Haruka Shitow, que afirma ser de uma organização governamental chamada TERRA. Ela revela que Ayato está vivendo dentro de uma bolha temporal chamada Tóquio Júpiter, criada pelos Mulianos—humanoides de outra dimensão—para isolar e conquistar Tóquio. A TERRA está tentando romper a barreira da cidade desde então. Dominado por essa revelação, Ayato entra em pânico e foge. Ele encontra sua colega de classe Reika Mishima, que o leva ao Santuário de Xephon, onde um grande ovo dorme. Ela começa a cantar, e um poder desconhecido desperta dentro de Ayato, conectando-o a um ser chamado RahXephon que sai do ovo. Haruka logo o encontra novamente e o insta a se juntar à sua causa de lutar contra os Mulianos. Preso entre a mira dos Mulianos e da TERRA, Ayato começa a questionar seu propósito, lidando com memórias alteradas e, finalmente, sua própria identidade neste novo mundo caótico.