Serebii, um Pokémon Lendário com o poder de viajar no tempo, está sendo perseguido por um caçador não identificado que quer capturá-lo. Quando o jovem treinador Pokémon Yukinari, que gosta de esboçar Pokémon, tenta ajudar Serebii depois que este esbarra nele, ambos desaparecem subitamente sem deixar vestígios durante a fuga.
Quarenta anos depois, o ambicioso treinador Satoshi está explorando sua área local na esperança de avistar Pokémon raros. Um barqueiro chamado White leva Satoshi à sua vila. Satoshi é acompanhado por seus três amigos mais próximos: Takeshi, um ex-líder de ginásio que treina para se tornar um criador Pokémon de elite; Kasumi, uma jovem garota que almeja ser uma treinadora habilidosa do tipo Água; e Pikachu, o primeiro Pokémon parceiro de Satoshi.
Ao mesmo tempo, Yukinari e Serebii reaparecem no presente de Satoshi e encontram seu grupo. O Lorde Mascarado Vicious, o executivo mais poderoso da Equipe Rocket, pretende capturar Serebii. Usando a Dark Ball—um tipo especial de Monster Ball que corrompe qualquer Pokémon capturado dentro dela e libera sua força máxima—Vicious transforma Pokémon inocentes em inimigos perigosos e poderosos, incluindo o próprio Serebii. Presos em uma situação difícil, Satoshi, Yukinari e seus amigos devem unir forças para derrotar Vicious e resgatar Serebii, além de si mesmos.