No ano de 2071, a humanidade colonizou a galáxia, mas problemas comuns à Terra, como assassinato, abuso de drogas e roubo, ainda persistem. Consequentemente, um número crescente de caçadores de recompensas durões persegue criminosos intergalácticos. Spike Spiegel e Jet Black viajam pelo espaço, caçando criminosos para ganhar a vida modestamente. Sob a aparência descontraída e distante de Spike, esconde-se o fardo de um passado violento. Jet lida com suas próprias memórias dolorosas enquanto cuida de Spike e de sua nave, a Bebop. Mais tarde, juntam-se a eles a atraente vigarista Faye Valentine, a criança excêntrica Edward Wong Hau Pepelu Tivrusky IV e Ein, um corgi galês bioengenheirado. Enquanto a tripulação da Bebop forma laços e captura uma variedade diversa de criminosos, suas vidas são abaladas por uma ameaça do passado de Spike. Com o plano insano de um rival se desenrolando, Spike enfrenta uma escolha entre sua vida com sua nova família ou vingança por suas mágoas antigas.