Sinopse
Em 2148, dois anos após a conclusão da série de televisão Fafner in the Azure, a Ilha Tatsumiya e seus habitantes restantes alcançaram um certo grau de recuperação. No entanto, a situação do protagonista Kazuki tornou-se grave: quase cego e parcialmente incapacitado devido às suas batalhas contra os Festum dois anos antes, ele se agarra à promessa que seu amigo caído Soushi fez de retornar à ilha e corrigir as coisas. As esperanças de Kazuki aumentam quando uma forma de vida é detectada dentro de um submarino não tripulado que deriva para a Baía Tatsumiya em uma noite, mas a pessoa a bordo não é Soushi—em vez disso, é um misterioso garoto chamado Misao Kurusu, que pode não ser inteiramente humano e afirma ter sido enviado por Soushi. Com a chegada de Misao, o conflito entre o Exército Humano e os Festum reacende, e os pilotos de Fafner enfrentam sua batalha mais desesperada até agora, desta vez com o destino de duas raças em jogo.