Sinopse
Na colônia marciana de Quarta Tóquio, os alunos mais brilhantes da Corporação Kirishina trabalham em uma sala de aula dedicada ao avanço do desenvolvimento aeroespacial: a A-TEC. Liderados pelo engenheiro brilhante Kaito Sera, a equipe aguarda ansiosamente a chegada de seu novo integrante. Porém, logo fica claro que o aluno transferido está longe de ser comum. Nagisa Kiryuu, recém-nomeado chefe da A-TEC e irmão mais novo do CEO da corporação, foi enviado para encerrar o programa. Para manter sua sala de aula viva, Kaito e seus alunos trabalham desesperadamente para desenvolver um sucessor de seu foguete mais potente, o X-2. Enquanto isso, Nagisa sobe na hierarquia corporativa em busca de sua própria missão. Apesar de suas batalhas separadas, logo fica evidente que muito mais está acontecendo dentro da Corporação Kirishina do que aparenta. Classroom☆Crisis acompanha Kaito e Nagisa, junto com a irmã mais nova de Kaito, Mizuki, e a piloto de testes da A-TEC, Iris Shirasaki, em uma história de intriga, guerra política e, contra todas as probabilidades, romance. Conforme Nagisa e a A-TEC são arrastados para as conspirações da Corporação Kirishina, amizades se fortalecem e passados são revelados enquanto eles lutam para evitar sua crise na sala de aula.