Sinopse
Após o encerramento do massively popular MMORPG de realidade virtual The World, sua sequência, The World R:2, é lançada online. Durante sua estreia, o jogador novato Haseo acredita ter encontrado companheiros para suas aventuras, apenas para ter seu avatar morto por eles por diversão. Ele é resgatado por Ovan, um usuário enigmático de um braço que concorda em guiá-lo pelo jogo. Haseo passa um primeiro ano feliz ao lado de Ovan e Shino, uma amiga clériga. No entanto, a tranquilidade é quebrada quando o personagem de Shino é derrotado por Tri-Edge, uma figura notória cujos ataques deixam vítimas em coma no mundo real. Enfurecido, Haseo jura caçar e destruir Tri-Edge. Situado durante o primeiro ano de Haseo em The World, .hack//Roots explora os laços que ele formou antes que Tri-Edge os destruísse.