Três anos após a tentativa fracassada de Char Aznable de forçar a migração da humanidade para o espaço, a vida continua nas colônias em órbita da Terra no Universal Century 0096. Na Side 4, Banagher Links, um estudante de 16 anos, leva uma existência tranquila entre seus colegas de classe. Audrey Burne, a última descendente de uma grande família tirânica, decide roubar a chave de um dispositivo misterioso conhecido como "Caixa de Laplace", que dizem possuir o poder de moldar o curso do universo. Ela viaja para a Side 4 para tomar a chave de quem atualmente a possui e impedir que ela caia nas mãos dos Sleeves, o remanescente sobrevivente do Neo-Zeon de Char Aznable. Em sua busca, ela encontra Banagher e muda sua vida para sempre. Quando a Side 4 é atacada pelos Sleeves e seus prolíficos combatentes Marida Cruz e Full Frontal, Banagher assume o controle do recém-construído Gundam Unicorn para defender seus amigos e proteger o destino da humanidade.

Nesta parte

Século Universal 0096. Vários meses se passaram desde o incidente envolvendo a Caixa de Laplace, também chamada de Carta do Século Universal. As Forças da Federação da Terra enviam uma equipe de investigadores ao Axis destacado, que está à deriva além da Esfera Terrestre. Dois civis juntam-se ao grupo de pesquisa: Arlette Almage e Danton Hyleg. Ambos serviram anteriormente o Principado de Zeon e a Neo Zeon como engenheiro e piloto de teste, respectivamente. Após se infiltrarem em Axis, os investigadores são atacados dentro de uma base que deveria estar vazia. Arlette e Danton enfrentam um incidente que nunca anteciparam.

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