No ano 2220, a Terra enfrenta uma ameaça iminente de um buraco negro em expansão. Para garantir a sobrevivência, um plano é iniciado para evacuar mais de 300 milhões de habitantes. Durante um ataque à frota de transporte mais recente, o Space Battleship Yamato intervém para fornecer proteção. A nave está agora sob o comando de Susumu Kodai, que é acompanhado por sua filha Miyuki, filha de Susumu e Yuki.
