Sinopse
Continua a história de Eagle Riders
Dois anos após a derrota de Galactor e a aparente morte de Condor Joe, o Líder X ataca um navio de cruzeiro, matando quase todos a bordo. Uma sobrevivente, uma jovem garota, é capturada por X e envelhecida rapidamente, transformando-se na bizarra vilã de voz masculina Gel Sadra. Apesar de sua aparência adulta, Gel Sadra frequentemente tem acessos de raiva infantis e se comporta de maneira imatura. À medida que Galactor renasce, a Equipe Ninja Científica é chamada de volta à ação, com um homem suspeito chamado Hawk Getz agindo como substituto de Joe. Getz é rapidamente revelado como um agente disfarçado de Galactor que matou o verdadeiro Getz, e é morto por um shuriken de pena misterioso. Após pistas deixadas nos três primeiros episódios, Joe reaparece no quarto episódio, tendo de alguma forma sobrevivido aos ferimentos fatais da série original, e se junta novamente à equipe. Mais tarde, é revelado que um ex-cientista de Galactor o resgatou à beira da morte e lhe deu várias melhorias cibernéticas. Mais adiante na série, uma cientista chamada Dra. Pandora é apresentada, tendo perdido seu marido e sua filha no desastre do navio de cruzeiro. Sem que ela saiba, sua filha Sammie sobreviveu e é na verdade Gel Sadra.
Nesta parte
Depois que o Líder X é aparentemente destruído para sempre no final de Gatchaman II, um fragmento sobrevivente dele cresce e se transforma em Z. Junto com o líder da família Egobossler, o Conde Egobossler (e seus dois subordinados Mechandol e Kempler), Z está determinado a destruir a Terra e atacar novamente a Equipe Ninja da Ciência. Após a morte de Anderson, o Dr. Nambu se torna o novo líder da ISO, enquanto a equipe fica confinada na base subaquática Gallatown (também chamada de "G-Town"). Kamo, profissional de engenharia, é apresentado, e depois que a Nova GodPhoenix é destruída logo no início, a equipe recebe o novo Gatchaspartan como seu mecha. O Gatchaspartan também possui um modo especial chamado Hypershoot, que apenas Ken pode usar (com sua nova espada "Gatchafencer"). Conforme a história avança, revela-se que a exposição à radiação pelo uso frequente do Hypershoot está lentamente matando Ken, e o uso contínuo resultaria em morte. Enquanto isso, Z planeja destruir a Terra usando um asteroide de antimatéria com o codinome "Poison Apple".
