Sinopse
Depois que o Líder X é aparentemente destruído para sempre no final de Gatchaman II, um fragmento sobrevivente dele cresce e se transforma em Z. Junto com o líder da família Egobossler, o Conde Egobossler (e seus dois subordinados Mechandol e Kempler), Z está determinado a destruir a Terra e atacar novamente a Equipe Ninja da Ciência. Após a morte de Anderson, o Dr. Nambu se torna o novo líder da ISO, enquanto a equipe fica confinada na base subaquática Gallatown (também chamada de "G-Town"). Kamo, profissional de engenharia, é apresentado, e depois que a Nova GodPhoenix é destruída logo no início, a equipe recebe o novo Gatchaspartan como seu mecha. O Gatchaspartan também possui um modo especial chamado Hypershoot, que apenas Ken pode usar (com sua nova espada "Gatchafencer"). Conforme a história avança, revela-se que a exposição à radiação pelo uso frequente do Hypershoot está lentamente matando Ken, e o uso contínuo resultaria em morte. Enquanto isso, Z planeja destruir a Terra usando um asteroide de antimatéria com o codinome "Poison Apple".