Faz um ano desde que a Star Force retornou para salvar a Terra, mas uma nova ameaça surge do espaço profundo. Um gigantesco White Comet corre em direção à galáxia, aniquilando tudo em seu caminho. Este não é um cometa comum — é o mortal Comet Empire, um conquistador de mundos, e a Terra é o próximo alvo. Desobedecendo ordens, a Star Force parte para investigar. No entanto, mesmo que consiga passar pela nave capitânia Andromeda, a Star Force ainda não conhece a verdadeira natureza deste novo inimigo.

Nesta parte

Em 2201, o Yamato retornou do feroz conflito com o Imperador Zordar e o Império Cometa. Sanada, Aihara e Shima recebem alta do hospital e visitam o memorial de Okita para homenagear os tripulantes caídos. Eles encontram Tasuke, filho de Tokugawa, que anuncia sua intenção de se juntar à tripulação depois de terminar a escola de cadetes. No dia seguinte, em sua formatura, ele acidentalmente vira um barco cheio de novos cadetes porque estão todos tão focados em olhar para o Yamato que não prestam atenção na navegação. Após algumas dificuldades durante a decolagem causadas pela tripulação inexperiente dos motores que aperta interruptores errados e faz o navio parar, o Yamato parte no que deveria ser um simples exercício de treinamento.

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