Em 2199, a Terra jaz em ruínas após um ataque brutal do Império Gamilas. Os sobreviventes se refugiaram no subsolo para escapar do deserto radioativo na superfície, mas, à medida que a radiação mortal avança gradualmente, seu refúgio torna-se insustentável. Com a extinção total iminente em apenas um ano, o desespero substitui a esperança. Todos os esforços anteriores para fugir ou revidar foram rapidamente esmagados pelas forças alienígenas. No entanto, uma transmissão desesperada do distante planeta Iscandar, em uma galáxia vizinha, oferece uma possível tábua de salvação. Em segredo, a Força de Autodefesa da Terra desenvolve um motor super-rápido para a viagem. O encouraçado da era da Segunda Guerra Mundial, Yamato, é adaptado com armamento avançado e tripulado por uma corajosa equipe, transformando-se no Encouraçado Espacial Yamato. Juntos, eles embarcam em uma perigosa jornada através do cosmos para resgatar a humanidade de sua ruína iminente.