Há muito tempo, após o fim de uma guerra mundial brutal, a humanidade buscou refúgio em seis cidades-estado que pareciam pacíficas e ideais — pelo menos na aparência. Shion, um habitante de elite de No. 6, teve sua visão deste mundo transformada por um encontro casual com um misterioso garoto chamado Nezumi. Nezumi era um dos muitos que habitavam o deserto desolado além dos muros da cidade, longe da suposta utopia. Apesar de saber que Nezumi era um fugitivo, Shion decidiu deixá-lo ficar para passar a noite e ofereceu-lhe proteção, o que trouxe graves consequências: devido às suas ações, Shion e sua mãe perderam seu status de elite e foram enviados para outro lugar, e o lado mais sombrio da cidade começou a se revelar.
Agora, muito tempo após aquele primeiro encontro que mudou suas vidas, Shion e Nezumi estão finalmente reunidos. O ex-elite e o garoto fugitivo estão prestes a embarcar em uma aventura que, com o tempo, exporá as verdades devastadoras escondidas dentro de No. 6.