A Aliança da Esfera Terrestre Unida manteve um controle severo sobre a Terra e suas colônias espaciais por décadas. Depois que as colônias manifestaram oposição, seu líder foi morto. No ano After Colony 195, colonos rebeldes iniciam a "Operação Meteor", enviando cinco poderosos Mobile Suits para a Terra como retaliação. Esses "Gundams", construídos a partir da quase indestrutível Liga Gundanium, lançam uma ofensiva contra a Aliança e sua organização subordinada, OZ. Um Gundam, pilotado por alguém usando o nome do falecido líder da colônia Heero Yuy, cai no oceano após um duelo atmosférico com o principal piloto da OZ, Zechs Marquise. Ao chegar à costa, ele é descoberto por Relena Peacecraft, filha de um representante político que defendia a paz, que testemunha a descida de Heero. Embora nenhum dos dois entenda ainda, esse encontro influenciará profundamente suas vidas, assim como as daqueles na Terra e nas colônias espaciais.

Nesta parte

Em After Colony 196, um ano após a guerra civil intergaláctica, a Terra e suas colônias permanecem em um estado frágil de estase. Acreditando que seus mobile suits Gundam já não têm mais propósito, os heróis de guerra Duo Maxwell, Heero Yuy, Trowa Barton e Quatre Raberba Winner resolvem eliminar as armas lançando-as no sol. No entanto, a paz universal é interrompida antes que os Gundams cheguem ao seu destino pela ascensão de Mariemaia Khushrenada, a única descendente do ex-aristocrata tirânico Treize. Mariemaia sequestra a diplomata Relena Peacecraft e revela a "Operação Meteoro", com o objetivo de completar o sonho de dominação mundial de Treize além-túmulo. Auxiliados pelo ex-adversário Zechs Marquise e seu mobile suit Tallgeese, os pilotos heroicos devem recuperar seus Gundams para lutar uma última guerra contra o regime Khushrenada, que inclui enfrentar seu antigo camarada Wufei Chang, que agora jurou lealdade aos objetivos de Mariemaia.