Alfred Izuruha, um menino de 10 anos que vive no aglomerado de colônias neutro Side 6, compartilha o mesmo fascínio pela guerra em andamento entre a Federação Terrestre e o Principado de Zeon que a maioria das crianças de sua idade. O que Alfred não percebe é que sua vizinha, Christina, está secretamente pilotando como piloto de teste um protótipo de Gundam desenvolvido pela Federação dentro da colônia. Em resposta, uma unidade de Forças Especiais de Zeon é montada e enviada para infiltrar-se na colônia com ordens de roubar ou destruir o Gundam. Quando um confronto irrompe entre as forças da Federação e as tropas de Zeon infiltradas, o cativado Alfred tropeça em um Zaku abatido pilotado por Bernard 'Bernie' Wiseman, novato de Zeon. Após esse encontro, os dois forjam uma amizade: Alfred obtém uma visão sobre a guerra que ele tanto deseja entender, enquanto Bernie obtém conhecimento interno sobre a colônia para apoiar a missão de sua equipe.

Nesta parte

No ano 0083 do Universal Century, a Federação Terrestre saiu vitoriosa sobre o rebelde Principado de Zeon na Guerra de Um Ano. No entanto, uma facção remanescente de Zeon sob o comando de Aguille Delaz escapou da batalha final e se escondeu. Após três anos, eles tentam atacar novamente, enviando o melhor piloto de Delaz, Anavel Gato, para infiltrar-se em uma instalação de pesquisa da Federação e roubar um dos dois protótipos secretos de Gundam, junto com sua mortal ogiva nuclear. Ameaçada pelo mobile suit rebelde e determinada a preservar a paz, a Federação Terrestre mobiliza o recém-desenvolvido porta-aviões Albion para recuperar a unidade roubada. Tripulada pelos pilotos de teste restantes, com Kou Uraki pilotando o outro protótipo Gundam, a Albion e sua tripulação estão determinadas a deter Gato, recuperar o Gundam roubado e impedir que os remanescentes de Zeon iniciem outra guerra.

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