Trinta anos atrás, um cataclísmico terremoto espacial devastou a massa terrestre eurasiana, matando mais de 150 milhões de pessoas em um fenômeno de origem desconhecida. Desde então, o mundo sofre perturbações sísmicas periódicas, embora mais brandas. Shidou Itsuka, um típico estudante do ensino médio que vive com sua irmã mais nova Kotori, vê sua vida virada de cabeça para baixo quando um enorme terremoto espacial ameaça a Cidade de Tengu. Correndo para salvar Kotori, Shidou é puxado para o epicentro e encontra uma garota misteriosa conhecida como Spirit, uma entidade de outro mundo capaz de desencadear esses desastres. Preso entre a Spirit e a Anti-Spirit Team, um grupo militarista dedicado à destruição dos Spirits, Shidou também encontra a Ratatoskr, uma facção dedicada a proteger os Spirits. Notavelmente, esta organização é liderada por sua própria irmã, Kotori. Ela recruta Shidou para ajudar a neutralizar a ameaça através de um método peculiar: ele deve fazer os Spirits se apaixonarem por ele. Com a sobrevivência do planeta em jogo, Shidou deve confiar em sua proeza romântica para encantar cada Spirit e selar seus poderes.