Nas profundezas da terra existe um vasto abismo conhecido como Abyss, repleto de criaturas estranhas e relíquias antigas de eras passadas. Suas origens e o que existe em seu ponto mais profundo permanecem mistérios não resolvidos que inúmeros exploradores, chamados Mergulhadores, arriscaram suas vidas para desvendar ao descer em suas regiões mais sombrias. Os Mergulhadores mais habilidosos e corajosos — os White Whistles — são celebrados como lendas entre aqueles que permanecem na superfície.
Riko, filha da desaparecida White Whistle Lyza, a Aniquiladora, sonha em seguir os passos de sua mãe e explorar as profundezas mais distantes do Abyss. No entanto, ela é apenas uma Red Whistle novata, com permissão para se aventurar apenas na camada mais superior. Um dia, ela tropeça em um robô misterioso que se parece com um garoto comum. Ela o nomeia Reg, e ele não tem memória do que aconteceu antes de sua descoberta. Convencida de que a tecnologia por trás de Reg deve se originar das profundezas do Abyss, os dois decidem jornadear pelo abismo — Reg para recuperar suas memórias perdidas, e Riko para ver o fundo do grande poço com seus próprios olhos. No entanto, eles permanecem alheios às verdades cruéis que os aguardam na verdadeira realidade do Abyss.
