Sinopse
Em um deserto remoto do Planeta Zi, um garoto chamado Van tropeça em uma instalação abandonada e em ruínas. Lá dentro, ele descobre um casulo opaco misterioso que se abre sozinho, revelando um robô semelhante a um dinossauro chamado "Organoid". Van nomeia a criatura de Zeke e a toma para si, mas logo uma gangue de bandidos o persegue para tomar o Organoid. Esses bandidos estão armados com "Zoids", unidades mecânicas em forma de bestas projetadas para combate. Van consegue combatê-los revivendo e se fundindo com um Zoid antigo conhecido como "Shield Liger". Van retorna à instalação com Zeke e encontra outro casulo. Animado com a perspectiva de um segundo Organoid, ele vê o casulo se abrir — mas em vez de um robô, uma garota emerge. Ela não tem memória de seu passado, sabendo apenas que seu nome é Fiona e que deve encontrar um objeto chamado "Zoid Eve". Determinada a descobrir a verdade por trás de sua existência, Fiona parte com Van e Zeke para descobrir o que realmente é a Zoid Eve. Ao longo de sua jornada, o trio encontra muitos aliados e inimigos, enfrentando vários perigos e compartilhando momentos de leveza enquanto viajam.