Edo floresceu graças ao espírito e à ambição de samurais de todo o país, mas, após o Japão feudal se render aos poderosos invasores alienígenas conhecidos como Amanto, esses ideais parecem distantes. O outrora influente xogunato foi transformado em um governo fantoche, e uma nova lei proíbe imediatamente o uso de espadas em público.
Conheça Gintoki Sakata, um excêntrico homem de cabelos prateados que carrega uma espada de madeira e mantém seu estilo de vida de samurai apesar da proibição. Como fundador da Yorozuya, uma pequena agência que aceita trabalhos estranhos, Gintoki frequentemente ajuda os outros, embora geralmente de maneiras bizarras e imprevisíveis.
Com o auxílio de Shinpachi Shimura, um garoto de óculos que supostamente segue o caminho do samurai; Kagura, uma garota moleca com força sobre-humana e um estômago insaciável; e Sadaharu, seu gigante cão de estimação que adora morder cabeças, a Yorozuya enfrenta de tudo, desde realeza alienígena até confrontos com gangues locais no mundo em constante mudança de Edo.