Sinopse
Narumi Katou, um homem de meia-idade, sofre da rara e inexplicável Síndrome ZONAPHA, que causa convulsões graves e aleatórias que só podem ser aliviadas ao ver alguém rir. Enquanto trabalha em um emprego de meio período, ele encontra um jovem garoto carregando uma grande mala, fugindo de três adultos. O garoto, Masaru Saiga, revela que é o novo herdeiro da vasta Saiga Enterprises após a morte recente de seu pai, e que outros membros da família estão tramando matá-lo para tomar a herança. Determinado a proteger a criança, Narumi ajuda Masaru a escapar e enfrenta seus perseguidores, apenas para descobrir que são marionetes humanoides sencientes com força sobre-humana. Quando Narumi está prestes a ser derrotado, uma garota de cabelos brancos aparece e convoca outra marionete da mala do garoto, apresentando-se como Shirogane, a guardiã de Masaru. Karakuri Circus acompanha três indivíduos de diferentes origens cujos destinos se entrelaçam e divergem enquanto eles desvendam os segredos de uma antiga história de amor e traição, e o longo conflito entre humanos e marionetes.