Sinopse
Giovanni, o líder da Equipe Rocket, localiza Mewtwo em uma região isolada de Johto. Enquanto tenta recapturar Mewtwo, Ash e seus amigos são raptados por Domino, uma nova operante da Equipe Rocket, enquanto tentam resgatar Pikachu de Jessie e James. Os Pokémon Clones também são capturados e usados como isca para atrair Mewtwo. O que se segue é um conflito de vontades entre Mewtwo e Giovanni, com Mewtwo também se questionando se a sua existência e a dos clones têm algum significado, apesar de serem criações da ciência.