Hace un año, Aika Fuwa y sus padres murieron en circunstancias misteriosas. Decidido a vengar su muerte, su hermano mayor Mahiro emprende la búsqueda de quien acabó con su vida demasiado pronto. Sin que Mahiro lo sepa, su amigo de la infancia y novio secreto de Aika desde hacía mucho tiempo, Yoshino Takigawa, se ve envuelto en la investigación después de que una extraña mujer lo encañona. Yoshino descubre que el gobierno investiga a Mahiro debido a brotes de una misteriosa «enfermedad del hierro» en dos lugares donde fue visto por última vez. Ahora en fuga, la búsqueda de Mahiro y Yoshino de los asesinos de Aika se vuelve más difícil y peligrosa.
Para obtener una pista sobre el asesinato de su hermana, Mahiro llega a un acuerdo con Hakaze Kusaribe, la hechicera más poderosa del mundo, que está prisionera en una isla desierta. Como princesa y líder del Clan Kusaribe, Hakaze promete ayudar en la investigación de Mahiro si él logra rescatarla del exilio. Una vez libre, planea impedir el resurgimiento del «Árbol del Éxodo» y evitar que el mundo caiga en la ruina. Creyendo que Hakaze interferirá en sus planes de resurrección, su antiguo asistente Samon Kusaribe orquestó su destierro y eliminó su capacidad de usar magia en la isla.
En un desesperado intento por salvar el mundo de los efectos de los «Árboles del Éxodo y el Génesis», Mahiro y Yoshino se acercan a la verdad detrás de la muerte de Aika. Descubren que su asesinato podría tener más implicaciones de las que inicialmente creyeron, mientras el mundo se sumerge en el caos.