Yuuichirou Amane perde os pais aos oito anos e é acolhido pelo Orfanato Hyakuya, onde ele luta para se conectar com sua nova "família". No entanto, isso se torna o menor dos seus problemas quando uma pandemia maciça irrompe repentinamente, matando todos acima de 13 anos. Aproveitando o caos, vampiros que antes permaneciam ocultos no subsolo surgem e escravizam os humanos sobreviventes, usando-os como gado para colher sangue.
Quatro anos depois, Yuuichirou e sua família se acostumaram à vida sob o controle dos vampiros, embora Yuuichirou ainda nutra o desejo de matar todos os vampiros e acabar com a opressão. Isso frequentemente causa atrito com o colega órfão Mikaela Hyakuya, que enfatiza a importância de usar inteligência e engenhosidade para sobreviver. Tendo ganhado favor entre vampiros de alto escalão, Mikaela obtém informações internas e as usa para orquestrar uma fuga ousada. Mas durante a tentativa, o grupo de órfãos é interceptado pelo oficial vampiro Ferid Bathory, que prossegue para massacrá-los. Yuuichirou é o único sobrevivente a chegar à superfície, onde é encontrado pela Moon Demon Company, uma unidade militar dedicada a caçar vampiros. Recebendo um convite para se juntar, Yuuichirou aceita sem hesitação, finalmente ganhando uma chance de alcançar seus objetivos e vingar sua família.