Dans la chronologie originale de Rozen Maiden, le reclus Jun Sakurada a choisi de remonter la poupée sentiente Shinku et de l'assister dans le Alice Game, une compétition entre poupées. Cependant, si Jun avait décidé de ne pas la remonter, sa vie aurait pris un chemin radicalement différent.
Dans un univers alternatif, un Jun adulte est maintenant à l'université, mais reste sombre et porte encore les blessures émotionnelles de son passé de hikikomori. En travaillant dans une librairie, il tombe sur une série de livres hebdomadaires intitulée « How to Make a Girl », qui contient un ressort pour remonter une poupée. Ce soir-là, quand il rentre chez lui, le volume suivant de la série l'attend dans son appartement, avec une boîte à poupée et des pièces pour construire la cinquième Rozen Maiden, Shinku. Mais après avoir assemblé la plupart des pièces, les livres cessent d'arriver et il reçoit une lettre indiquant que la publication a été interrompue. La lettre révèle également que pour obtenir les pièces de poupée restantes, il doit les récupérer dans un lieu appelé le N-Field.
Comme si cela n'était pas assez étrange, il commence à recevoir des e-mails de son moi plus jeune, le suppliant de l'aider à vaincre la septième poupée malveillante, Kirakishou. Avec une poupée incomplète en main, Jun s'aventure dans le N-Field, ignorant les événements qui vont se dérouler.