Mobile Suit Gundam Wing の時代、ユニオン・アース・スフィア・アライアンスは、地球とその宇宙コロニーを何世代にもわたって厳格に支配してきた。コロニー側が蜂起を試みた際、その指導者は殺害された。アフター・コロニー195年、反抗的なコロニーの集団が「オペレーション・メテオ」を開始し、地球へ5機の高度なモビルスーツ「ガンダム」を送り出した。ほぼ無敵のガンダニウム合金から作られたこれらの機体は、アライアンスとその下部組織であるOZに反撃を仕掛けるために存在する。
OZのトップパイロット、ゼクス・マーキスとの空中戦の最中、ヒーロー・ユーイという名を名乗るパイロットが操縦するガンダムの1機が海へ墜落した。この名は、亡きコロニーの指導者と同じである。陸に到達したヒーローは、平和を志向する政治家の子供であるレレーナ・ピースクラフトと出会う。彼女は彼らの到着を目撃する。当時は互いに気づいていなかったが、この出会いが二人の人生と、地球およびコロニーの未来に深く影響を与えることになる。