Tsubasa Misudachi の平穏な日常は、日本の長岡郊外に巨大な UFO が墜落したことで崩れ去る。Tachikawa City を守る責任を持つ Gatchaman チームが、残骸から現れた平和な異星人の対応を指揮する。混乱の中、Gatchaman の創設者である J.J. Robinson から、高度な技術を持つノート型端末「NOTE」を受け取った Tsubasa は、急遽チームに加入することになる。Hajime Ichinose の指導のもと、Tsubasa は正義の守り手としての役割に徐々に適応していく。
一方、人々の意識を物理的な形態として具現化させる CROWDS テクノロジーは、首相 Sugayama の支持を得て広範な人気を博していた。しかし、特異な赤色の CROWDS を用いて破壊活動を行う秘密結社 VAPE が悪名を馳せ、その技術に対する公衆の支持は低下する。Tsubasa が Gatchaman の一員となった今、彼らは災害が起きる前に VAPE の悪意ある計画を阻止しなければならない。