あらすじ
.hack//SIGNの物語の続き
MMORPG として知られる『ザ・ワールド』において、ウェイブマスターである Tsukasa は断片的な記憶を携えて目覚める。ゲーム内に現れる前に自分が何をしたのか、彼自身も不明瞭である。改造された猫型のアバターとの関連を理由に、Crimson Knights によってハッキングを疑われた Tsukasa は、仮想領域から抜け出せなくなってしまう。答えを求めてデジタルな風景を探検する中で、彼は騎士たちの監視を避け、出会った他のプレイヤーたちの疑念をかいくぐらねばならない。 『ザ・ワールド』での旅路を通じて、Tsukasa は自身を危害から守ると約束する、守護者（ガーディアン）の姿を模した神秘的な遺物を見つける。一方、Crimson Knights のリーダーである Subaru は、Tsukasa と知り合った他のプレイヤーたちと共に、彼がログアウトできない理由を解明し、事態が悪化するのを防ぐために動き出す。
本作では
大規模なMMORPG『ザ・ワールド』が閉鎖された後、その続編『ザ・ワールド R:2』が稼働した。新規プレイヤーとして参入したHaseoは、仲間になると信じていた者たちに、エンターテインメントのためにアバターを殺害される。片腕を失った謎のプレイヤーOvanに救出され、彼が師となる。最初の1年間、HaseoはOvanと、クレーターであるShinoとの間に深い絆を築く。その平穏は、現実世界で被害者を昏睡状態に陥れることで悪名高い悪意あるプレイヤーTri-EdgeがShinoのキャラクターを倒したことで崩れ去る。怒りに駆られたHaseoはTri-Edgeを狩り落とし、破壊すると誓う。『.hack//Roots』は、Tri-Edgeがその絆を打ち砕く前にHaseoが形成した絆に焦点を当てた物語である。
