第三次インパクトによって地球と人類の文明が壊滅してから14年後、碇シンジはかつて知っていた人々にとって見知らぬ存在となっていた。宇宙の深淵から真希波・マリ・イラストリアスと式波・アスカ・ラングレーに救出されたシンジは、かつての保護者である葛城ミサトが指揮する軍事派閥「WILLE」の囚人となっていることを知る。かつての味方たちは彼の行動の結果に苦しむ彼に信頼と共感を示さず、援助を拒絶する。混乱し深く傷ついたシンジは、綾波レイによってWILLEから解放され、NERV本部へと戻される。そこで彼は謎めいた人物・渚カヲルと出会う。カヲルは彼に慰めを与え、天使に対するNERVの継続的な戦いの真実を明かす。この新たな絆にもかかわらず、シンジとカヲルはまもなく、敵がもはや天使ではなくかつての仲間たちであるという差し迫った衝突に直面する。世界の運命を決定づける過酷な戦いの中で、シンジは過去は書き換えられないという現実に気づく。