2071年、人類は絶滅の淵に立たされていた。従来の兵器が一切通用しない凶暴な怪物、アラガミによって脅かされていたのだ。この脅威に対抗するため、フェンリル機関はゴッドイーターを開発した。オラクル細胞を注入された人間であり、アラガミを傷つける唯一の武器であるゴッドアークを操る者たちである。レンカ・ウツギはそのような戦士の一人であり、新型ゴッドイーターとして、ゴッドアークを刀と銃の間で変形させる能力を持つ。フェンリルの精鋭として、レンカはアラガミを駆逐するという重大な使命を果たすため、自らの能力を磨かねばならない。アラガミが驚異的な速さで増殖し、人類の生存が危機に瀕する中、全種族の未来は今や完全にゴッドイーターたちの肩に委ねられている。