Yugo & Lala 2では、Yugoが父に、魔法の雲の王国への旅について語る。そこでLalaやUncle Bearと友達になり、王国の支配者に反乱を起こした悪役のTiger Generalと戦った。死に際して、支配者はLalaを後継者として指名した。友達を慕うYugoは再び王国へ戻り、Lalaが宮殿へ引っ越すためUncle Bearが悲しんでいるのを見つける。しかし、Lalaは統治する準備ができているか確信が持てない。
王国の巨大な獣たちが年間の移動中に謎の縮小を始めたことで、新たな危険が訪れる。調査中、Yugo、Lala、Uncle Bearは、小さな生き物たちの住処となった地下のネズミ王国に捕らえられる。賢いモグラが彼らを助けてネズミの兵士たちを打ち破り、脱出を手伝う。Yugoは最後の巨大な獣を見つけ、水源が意図的に毒されていることを知る。軍国主義的なネズミたちが唯一の清潔な水を支配していることに気づき、Yugoと動物の仲間たちは王国を救わなければならない。