異なる国々から、それぞれ固有の血継限界を持つ四人の忍が謎の失踪を遂げたことを受け、カカシ・ハタケ、ナルト・ウズマキ、サクラ・ハルノ、サイが調査任務に就く。行方不明の忍たちを発見し、その結果を火影のツナデに報告した直後、かつて木ノ葉隠れの里の忍であったヒルコが、権力への渇望に駆られて姿を現す。ヒルコは失踪した忍たちの特殊能力を吸収し、ほぼ無敵の存在となっていた。彼はあと一つの血継限界を手に入れれば、世界征服を開始しようとしていた。
木ノ葉隠れの里は、ヒルコとの歴史的な関わりから他国から疑いの目を向けられ、ツナデは事態の収拾を迫られる。選択肢が限られる中、ツナデはカカシが提案した、危険かつ致命的になりかねない作戦を受け入れる。しかし、ナルトはこの作戦の遂行を許さず、火影の命令に背き、カカシを救うと誓う。その過程で、仲間たちさえも敵として戦う覚悟を決める。