『進撃の巨人 The Final Season Part 2』では、エレン・イェーガーはかつての味方も敵も敵に回し、壊滅的な計画を実行する。ジークが獣の巨人として機能する中、エレンはマーレとエルディアの長きにわたる争いを終結させるため極端な手段を取るが、その真意は依然として不明である。彼の家族の過去を掘り下げながら、エレンは自らの運命を支配するために戦う。
同時に、マーレとエルディアは激しい対決を繰り広げ、互いの戦力と巨人を投入して壊滅し合う。ライナー・ブラウンはその能力を用いてエレンの軍事力を迎え撃つ一方、同じエルディア人の若者ファルコ・グライスとガビ・ブラウンは、その後の混乱を生き延びるために戦う。
一方、エレンの幼馴染であるミカサ・アッカーマンとアルミン・アルレルト、そして彼の元調査兵団の仲間たちは捕らわれる。エレンの恐ろしい変貌を目の当たりにしながらも、彼らはまだ彼の中に善が残っていると信じ、彼を救うための闘いに加わる。