ネオンに染まるネオン都市ナイトシティ、カリフォルニアの未来版において、夢はしばしば暴力的な最期を迎える。都市のスラム街に住む少年、デヴィッド・マルティネスは、母の最期の願いである、世界有数のセキュリティ企業アラスカへの入りを叶えるために奮闘する。エリート校であるアラスカ・アカデミーに入学し、母の絶え間ない労働によって支えられ、デヴィッドは企業の出世コースを登ろうと努める。
しかし、地元のギャングとの残虐な衝突によって彼の世界は崩れ去る。絶望の只中、デヴィッドはサンデビスタンというサイバーウェア、すなわち超人的な速度を与える義体インプラントを発見する。怒りに燃えた彼はその装置を装着し、襲撃者の一人に復讐を遂げるが、その行為が原因でアカデミーから追放され、母の夢を叶えるチャンスを失う。
新たな能力を手にしたデヴィッドは、謎めいたデータ泥棒ルシナ「ルシ」・クシナダの注目を集め、彼女から新たな道を示される。しかし、ルシと組むことは、デヴィッドをエッジランナーズの世界へと引きずり込む。エッジランナーズとは、利益のために法を破るサイボーグのアウトローたちである。エッジランナーの生活は危険を伴い、サイバーウェアの故障や精神の崩壊で終わることが多いが、腐敗したシステムとの戦いにおいて、デヴィッドはすべてを賭ける覚悟を持っている。