両親を亡くした後、網代慎平は小舟家に引き取られ、娘の小舟澪と小舟潮と共に育った。やがて東京で教育を受けるため移り住むが、潮が子供を救おうとして悲劇的に溺死したことを受け、故郷に戻る。葬儀の最中、親友が潮の首に奇妙な跡を発見し、彼女の死が事故ではない可能性を示唆する。潮が殺されたと確信した慎平は、最近の出来事について調査を始めるが、やがて人々が姿を消す不審な事件や説明不能な現象をさらに明らかにする。これらの出来事を受けて、澪は「影」に関する地元の伝説を思い出す。影は、遭遇すると死を告げるとされる存在である。日都ヶ島に巣食う闇の勢力に立ち向かう決意を固めた慎平は、潮の最期の願いである澪の安全を確保するため、自らの定められた運命に抗い奮闘する。