小学校時代、石田将也は退屈を紛らわせるため、他人をいじめた。聴覚に障害のある西宮硝子がクラスに転入すると、将也とクラスメイトたちはすぐに彼女をいじめ始めた。硝子の母親が学校に通報すると、学校は将也を身代わりとして指名した。硝子は別の学校へ転校し、将也は仲間外れにされ、小学校から中学校にかけて同級生から迫害を受け、教師たちはその状況に目を向けることはなかった。
高校3年生の夏、将也は幼少期の行動に起因する罪悪感と戦い続けていた。過去の過ちを償いたいと願う将也は、硝子を探し出し、許しを請うために動き出す。
『A Silent Voice』は、硝子との和解を目指す将也の旅と、過去の行いに対する真摯な償いの試みを描く。しかし、過去の行為の代償はなおも彼を悩ませ続ける。