人々が窮地に陥った時、謎の赤い電話番号が現れ、彼らを自称「夜ト神」の微少神・夜トへと繋ぐ。数百万の信奉者を抱くことを夢見るが、祠を持たないためその野望は叶わず、5円の仕事で生計を立てている。その窮状は、武器の神器が彼の無能さに失望して去ったことでさらに深まる。しかし、運命が介入する。中学生の伊織ヒヨリが、夜トを車に轢かれる事故から救おうとして命を投げ出すように見えるが、彼女は肉体は生き延びるものの、霊が不安定になり、魂が体から離れてしまう。正常な状態に戻すため、ヒヨリは夜トにこの状況を解決するよう迫るが、それには新しい神器のパートナーを見つける必要がある。しぶしぶながら、彼女は彼の手伝いを引き受け、夜トの運がついに回り始めたという、かすかな希望を彼に与える。