Areishia Spirit Academy への旅路で、Kamito Kazehaya は浄化の湯上がりに裸で倒れていた Claire Rouge と出会う。Spirit contract を結んで力を強化しようとする Claire は、巫女のみが契約を結べるというルールを破って Kamito が誤って契約を結んでしまったことに腹を立てるが、Kamito を自らの spirit として仕えるよう強く求める。学院では Claire を避けようとする Kamito だが、Greyworth Ciel Mais 総長と出会い、学院への入学を勧められる。学院は主に巫女姫を育成するが、かつての spirit である Restia Ashdoll について学ぶため Kamito は入学を決意する。さらに総長の挑戦を受け、2 ヶ月後に開催される Blade Dance 大会で優勝し、学院最強の elementalist とされる人物（闇の spirit との関わりが噂される）を倒すことを約束する。