西暦2203年、ボラー連邦がデスロックのガルマン・ガミラス帝国に滅ぼされた直後、亜空間次元の歪みが遠く赤い銀河を天の川銀河との衝突軌道へと引きずり込む。星々と惑星の衝突により、ガルマン・ガミラスの故郷は瓦礫と化し、スターフォースは調査のために出動する。ガルマニアに到着した彼らは、瓦礫と化したデスロックの宮殿を発見する。乗組員が白いバラを惑星表面へと投げ入れ、弔意を表す中、巨大な赤い惑星がガルマニアに激突。スターフォースは直ちに計算外のワープを実行して脱出する。注：35mmフィルム版は152分、70mmエクステンデッドカットは163分であり、36年にわたり世界最長の劇場用アニメ映画の記録を保持していた。

本作では

西暦2220年、移動するブラックホールの拡大により地球が脅かされる。3億人以上の人類を地球から移住させる計画が立案される。最新輸送艦隊が攻撃を受けると、宇宙戦艦ヤマトはSusumu Kodaiの指揮下で迎撃に向かう。ヤマトにはSusumuとYukiの娘であるMiyukiも乗船している。注：ディレクターズカット版は123分で、いくつかの異なるシーンと代替エンディングが含まれる。