宝探しはいつも難しいものだが、ドラえもんとその魔法の道具があれば不可能なことはない。ドラえもんの助けを借りて、のび太と仲間たちは船に乗り、島の宝探しに出かける。しかし、旅の最中、船は沈没しかけ、のび太は若い海賊と共に島に取り残される。一方、ドラえもんたちは海賊同士の争いに巻き込まれてしまう。こうして彼らの冒険が始まる。