Sakurai Tomoki は、2 人のエンジェロイド、Ikaros と Nymph との日常に慣れ、大きな楽しさを味わっている。それでも、奇妙な夢を見続け、その原因を解明するために友人たちに協力を求める。 Nymph は人間のみが他人の夢に入れる装置を作成する。このガジェットは当初故障するが、最終的に彼らは Tomoki の夢であるはずの場所へ到達する。しかし、そこには深刻な異常があった。その後、Tomoki が初めて Ikaros を発見した大きな桜の木の下に、隕石が落下する。金髪で非常に大きな体格と巨大な剣を持つエンジェロイドが隕石から現れ、Tomoki を探し始める！

本作では

前作の出来事が短いフラッシュバックで振り返られ、天使の一人である Hiyo ri Kazane が現実の体を天に置き去りにしたまま夢を見ている時点に至る。彼女は主人公の Tomoki Sakurai に恋心を抱き、最期まで戦うが、夢の中で死亡し現実の体に戻ることで、世界から Hiyori の記憶は消去される。夢の世界へ戻ろうとする彼女の切実な願いにより、天の支配者は彼女を Clockwork の Angeloid に改造するが、Tomoki の助けにより彼女は目覚める。それでも、彼女の命を救うには至らなかった。