あらすじ
機動戦士ガンダム00 セカンドシーズンの物語の続き
西暦2311年、地球連邦（ESF）はかつて分裂していた世界を統一し、暴力的なテロリスト集団に対抗するための予防軍事組織A-Lawsを設立した。しかし、A-Lawsは徐々に法的権限を逸脱し、地球の人口に対して厳しい統制を課すようになる。 A-Lawsの抑圧的な手法に対抗するため、対テロ組織セレスティアル・ビーイングが再登場する。ガンダムと呼ばれる先進的なモビルスーツを駆使し、セレスティアル・ビーイングのパイロットたちはA-Lawsとの新たな戦いに身を投じ、彼らの権力の乱用を阻止しようと決意する。 この戦いを率いるのは、ガンダムエクシアのパイロットであるSetsuna F. Seieiであり、彼の仲間であるLockon Stratos、Allelujah Haptism、Tieria Erdeと共に戦う。彼らの苦闘を通じて、Setsunaはイノベーターズと呼ばれる新たな派閥によって仕組まれた陰謀を解明し、彼自身を蔑む世界を救うために、自身の個人的なトラウマや未解決の問題と向き合わなければならない。
本作では
西暦2314年、セレスティアル・ビーイングの最終的な大規模な衝突から2年後、130年前に放棄された木星探査船が軌道から離れ、地球へ向かって突入するという新たな緊急事態が発生する。一方、地球連邦はデカルト・シャーマンを通じてイノベーターの力を活用し始めた。GN粒子への曝露により、多くの個人が真のイノベーターとして目覚めている。これらの人々が持つ戦略的優位性を認識した地球連邦はイノベーションに関する研究を開始し、新たに覚醒したイノベーターの能力を活用し始めた。セレスティアル・ビーイングとそのガンダムマイスターは、人類を未知の脅威である異星生命体金属形状変形体（ELS）から守るための最後の任務に乗り出す。ガンダムマイスターのセツナ・F・セイエイは、イノベーターとして開発された真の理由と、アエオリア・シェンベルグの計画が人類に意図した「対話」の真の意味を解き明かそうとしていた。
