地表の下にはアビスが広がっている。そこは、忘れ去られた時代の古代遺物や奇怪な生物が棲む巨大な縦穴だ。その起源と秘められた謎は、探窟家と呼ばれる数多の探検家たちを、計り知れない危険を冒して深層へと誘ってきた。中でも最も崇敬され勇敢な者たちは白笛と呼ばれ、下りを恐れる者たちから英雄として称えられている。
母は伝説的な白笛・絶滅卿リザであり、探検中に行方不明となったリコは、アビスの最下層に到達する夢を抱いている。今の彼女は、最上層にしか立ち入ることを許されない見習いの赤笛に過ぎない。ある日、彼女は過去の記憶を失った少年のような奇妙なロボットを発見する。リコはそのロボットにレグと名付け、その高度な技術はアビスの深層から来たものに違いないと推測する。二人は共に、アビスの暗闇へと旅立つ。レグは失われた記憶を探し、リコは自ら最下層へ到達する決意を固めている。しかし、アビスの容赦ない世界で待ち受ける過酷な現実には、まだ気づいていない。