昼は、小夜柊月が普通の高校生の静かな日常を送っている。夜になると、彼女は父から儀式用として受け継がれた聖剣を振りかざし、怪物たちを容赦なく狩る者となる。小夜は、静かな町に平和を乱すあらゆる脅威を排除する。しかし、獣たちが破られた契約について話し合うのを耳にした時、彼女の現実理解は打ち砕かれる。彼女に意図的に隠された真実があったのだ。その後、奇妙な犬が現れ、小夜が村を守るという決意に挑戦し、もし彼女が誓いを破ったらどうなるのかと問いかける。小夜は幻に悩まされ、世界が崩れ始める中、何一つが思っているようには見えない町で答えを求めて旅に出る。

本作では

未成年者の外出制限やインターネットアクセスを規制する青少年条例が施行されても、若者たちは地下の手段を通じて自由を求め続けている。その一人のグループ、SIRRUTは、鉄の拳で東京を支配する政治的に権力を持つ人物、Fumito Nanaharaを標的とする。インターネットを利用してFumitoに関する情報を掘り起こした彼らは、彼の支配下にある人間実験を行う秘密組織「タワー」を発見する。 SIRRUTのメンバーが地下鉄で「タワー」の真実を暴露するために待ち伏せを仕掛けたとき、謎の生物が突然現れて乗客たちを襲撃する。混乱の中、日本の刀を振るって古の者たちを討つ少女、Sayaが現れる。これは、Ukishima地方の恐ろしい事件で大切なものをすべて失った、あのSayaである。Fumitoと「タワー」は、古の者たちを用いてどのような「実験」を行っているのか？SayaはついにFumitoへの復讐を果たすことができるのか？いよいよ最終決戦が始まる……