「The Eden of Grisaia」では、物語は「Grisaia no Meikyuu」の直後に始まる。テロリズムの容疑で逮捕されたKazami Yuujiの罪を裏付けるかのような動画が流出し、Ichigayaが彼の身柄拘束を指揮する。
IchigayaはYuujiがこれらの罪に無実であることを知っていたが、極めて危険な兵器を手にしたテロ組織の首領であるHeath Osloを無力化できなかったYuujiを拘束し続ける。Ichigayaには、Yuujiを身柄拘束し続ける隠された意図があった。
しかし、Yuujiには救済の道が残されているかもしれない。Mihama Academyの少女たちは、彼が政治的な目的のために利用されることを認めない。そして、彼女たちを助けるために謎の新しい人物が突然現れる。