『Kimagure Orange Road』テレビシリーズの結末後、Kyousuke と Madoka は卒業の瀬戸際に立たされ、どの大学に進むかという重要な決断を迫られる。当然ながら二人は一緒にいたいと願い、両者を受け入れる大学を探す中で勉強との両立を図る。まだ卒業まで一年残っている Hikaru は、独自のやり方で Kyousuke を支えようとするが、その関わりが Madoka の嫉妬を呼び、ついに Kyousuke への本当の気持ちを告白することになる。この感情的な分岐点に立たされた Kyousuke は、自分が本当に愛する女性を選ぶために決断的な行動を起こし、『Kimagure Orange Road』の物語に決着をつける。

本作では

数年が経過し、春日恭介は十九歳になっている。彼は近づく車両についての警告を含む謎の電話を受け取るが、それを無視する。皮肉なことに、彼は車に撥ねられ、超能力によって三年先の未来へ飛ばされる。彼の二十二歳の未来の自分は、ボスニアで消息を絶ち、死亡が推定されている写真家だった。恭介は、その未来の自分を見つけ出し、十九歳の自分を実際の時間に戻さなければならない。この旅の中で、彼は再び舞い、今は有名なプロダンサーとなっている光と再会する。また、マドカもまた、ボスニアで消息を絶った二十二歳の恭介と、十九歳の恭介が関与した車事故の両方に心を痛めている。