高校生の須藤要は、クラスメイトの勧めにより、謎の携帯電話アプリ「ダーウィンのゲーム」に興味を抱く。アプリをインストールした直後、画面からデジタルの緑色の蛇が飛び出し、要を噛み付く。その瞬間、要は意識を失う。目が覚めると、彼は学校の保健室にいた。身体に傷はついていなかった。要はこの出来事を幻覚だと片付け、帰宅するが、好奇心が抑えきれず、再びアプリを起動する。当初は単なる戦闘ゲームだと信じていたが、仮想の敵が現実世界に現れ、武器を持って襲いかかるという恐ろしい現実に直面する。ダーウィンのゲームが致命的なバトルロイヤルであることを理解した要は、命を救うために必死に逃げ出す。