親友を失ったことで碇シンジは感情麻痺に陥り、エヴァンゲリオン初号機のパイロットを務められなくなる。その結果、父親であるネルフの碇ゲンドウは秘密組織ゼーレを出し抜くために必死に動き、両勢力はそれぞれの終末的な目的を追求する。ゼーレは人間の魂をエヴァンゲリオンに統合し神のような存在を創り出そうとし、一方ゲンドウは人類を原初の状態に戻し、亡き妻ユイと再会しようと企む。ゼーレはネルフ本部への軍事攻撃を開始し、多数のネルフ要員が死亡する。惣流・アスカ・ラングレーはエヴァンゲリオン弐号機を操縦し、ゼーレの圧倒的な戦力に立ち向かう。混沌と社会崩壊が噴出する中、葛城ミサト大尉はネルフ内部に隠れたまま世界の命運を握るシンジを探し求める。