Le récit commence par une confrontation entre deux héros opposés, ZET et ALPHAS, avant de plonger dans leur histoire personnelle — Jin Kanzaki, un jeune possédant le pouvoir de se transformer en entité surhumaine appelée ZET, et Kouga Amagi, un jeune homme animé par un puissant sens de la justice qui utilise la technologie pour combattre sous le nom d'ALPHAS. Les destins de ces deux individus et des personnes qui leur sont liées s'entremêlent alors qu'ils luttent pour sauvegarder l'humanité et éliminer les horreurs monstrueuses appelées Players.
