L'intégration de la conscience humaine dans des « I-Machines » robotiques est devenue possible grâce à la découverte d'un précieux minéral appelé « orichalt », bien qu'il existe un risque que l'esprit reste définitivement piégé dans sa coque métallique. Ce danger définit l'existence de l'Excavate Company, une équipe téméraire de mineurs d'I-Machines sous le commandement de l'infâme Grayman, qui recherchent l'orichalt pour le profit. Après avoir secouru Maya Mikuri, une étudiante abandonnée par son équipe et faussement accusée d'avoir volé les secrets de l'orichalt, elle rejoint le groupe pour prouver son innocence. Cet événement déclenche un voyage qui transforme la vie de l'équipe, en particulier celle d'Ido, un membre compétent souffrant d'amnésie, qui pourrait enfin avoir l'occasion de découvrir sa véritable identité.
