Après que la Germanie a envahi un pays voisin en 1939, l'Europe a été plongée dans une guerre dévastatrice. Pendant le conflit, la Germanie a jeté son dévolu sur la petite nation alpine d'Eylstadt. Avec une supériorité militaire écrasante et une série de victoires antérieures, on s'attendait à ce que la Germanie écrase facilement Eylstadt.
La situation s'aggrave pour le petit pays lorsque des soldats germaniens capturent leur princesse, Ortfiné « Finé » Fredericka von Eylstadt, alors qu'elle se rend à une réunion cruciale avec la Britannia. Cependant, quand une mission de transport germanienne tourne mal, Izetta, la dernière sorcière survivante, s'échappe. Reconnaissant la princesse Finé de son enfance, Izetta utilise ses pouvoirs magiques pour la sauver des forces germaniennes. Retrouvant la princesse, Izetta jure de défendre Eylstadt contre la Germanie. Avec la dernière sorcière à leurs côtés, Eylstadt espère inverser le cours de la guerre contre la machine impérialiste.
