Giratina, le Pokémon renégat légendaire, croise la route de Dialga, le Pokémon Temporel, près d'un lac et le force à entrer dans son propre monde, une dimension alternative distincte du monde normal. Un petit Pokémon vert est emporté dans le chaos ; bien qu'il parvienne à s'échapper, Dialga saisit l'occasion de fuir avant que Giratina ne puisse le poursuivre.
Après avoir involontairement gâché un pique-nique de Satoshi et ses compagnons, le Pokémon vert est emmené dans un Centre Pokémon pour y être soigné et se révèle être Shaymin, le mythique Pokémon de la Gratitude. Par communication télépathique, Shaymin insiste pour que Satoshi, Hikari et Takeshi l'escortent jusqu'à un endroit précis. Avant qu'ils ne puissent déterminer où il veut aller, le groupe se retrouve traqué à la fois par Giratina et par un mystérieux personnage nommé Zero, tous deux déterminés à capturer Shaymin. Satoshi et ses amis parviendront-ils à guider Shaymin vers sa destination tout en échappant aux menaces qui se referment sur eux ?
